En la ciudad está la mayoría de instituciones que configuran la red hospitalaria del departamento de Nariño con 6 hospitales y cuatro clínicas para los niveles dos y tres de atención; para la prestación del servicio en el nivel uno se encuentra además de los anteriores, siete centros y dos puestos de salud que ofertan en total 1332 camas hospitalarias para cubrir la demanda de medicina interna, cirugía, pediatría, obstetricia, partos y psiquiatría básicamente.
En el municipio la red la oferta de instituciones públicas está organizada cuatro redes para la prestación del servicio: Red norte, coordinada por el Hospital Civil incluidos tres puestos de salud y un centro; la red sur, coordinada por el Centro de Salud de la Rosa incluidos tres puestos de salud, un centro y una unidad móvil; la red suroriente coordinada por el Centro de Salud Lorenzo de Aldana incluidos cinco puestos de salud y un centro y la red de occidente coordinada por el Centro de Salud Tamasagra incluidos cinco centros de salud y el Centro de Zoonosis.
Entre los principales centros hospitalarios están:
Hospital Universitario Departamental de Nariño ESE HUDN.
Clínica Nuestra Señora de Fátima
Fundación Hospital San Pedro
Hospital Infantil Los Ángeles
Hospital Mental Nuestra Señora del Perpetuo Socorro (salud mental femenina)
Hospital San Rafael de Pasto (salud mental): fue aquí que trabajó como enfermero en 1933 Rubén López Aguilar, uno de los primeros beatos de la historia colombiana.
Hospital Civil
Pasto Tierra Cultural