El nombre del municipio y de la ciudad se origina en el nombre del pueblo indígena Pastos, Pas=gente y to=tierra o gente de la tierra, que habitaba el altiplano Carchi-Ipiales a la llegada de los conquistadores españoles.

El nombre oficial del Municipio es Pasto, y su cabecera municipal que corresponde al área urbana se conoce como San Juan de Pasto, en honor a su patrono San Juan Bautista.